Jedinou výjimkou z tohoto pravidla byl mnohokrát přetřásaný případ Galilea Galileiho. Podle ankety, provedené Evropským parlamentem v 90. letech mezi studenty všech zemí Evropské unie, jak její výsledky předkládá žurnalista Vittorio Messori, téměř 30 procent z nich je přesvědčeno, že Galileo byl Církví upálen na hranici. Skoro všichni, 97 procent, si myslí, že byl krutě mučen. Někteří – a není jich mnoho – pokud měli k tématu co říct, tak připomínali jako „historickou pravdu“ domnělý Galileův výrok „a přece se točí“.
Tito studenti by se velice divili, kdyby jim někdo sdělil, že Galileo toto nikdy neřekl a my máme možnost to dokázat. Celou kauzu si vymyslel r. 1757 italský novinář Giuseppe Baretti v Londýně na zakázku zednářských lóží, vyrábějících jako na běžícím pásu „krutosti inkvizice“. Německý komunistický dramatik Bertold Brecht ve svém dramatu „Galileo Galilei“ tento domnělý výrok zpopularizoval. Vězení? Mučení? Hranice? Anketovaní studenti by byli patrně v šoku, kdyby se dozvěděli historickou pravdu, že Galileo nestrávil ve vězení jediný den a nikdy nebyl mučen.
O co přesně v jeho případě šlo? Faktem je, že se jednalo o to, jestli se Země točí kolem Slunce nebo naopak. Po celý středověk se mělo za jisté, že naše planeta je středem vesmíru, který se kolem ní otáčí. Prvním, kdo se odvážil toto zpochybnit, byl v 15. stol. kardinál Mikuláš Kusánský, známý renesanční filozof. Byl to však jeho ryze subjektivní názor, k němuž nepředložil žádnou argumentaci. V 16. stol. kanovník katedrály v polském Fromborku Mikuláš Kopernik, jenž si zřídil ve věži tohoto chrámu astronomickou observatoř, napsal knihu „O pohybu nebeských těles“, kde se snaží pomocí matematických a fyzikálních výpočtů dokázat, že středem vesmíru je Slunce, kolem něj ostatní planety včetně Země obíhají. Kopernik nejenže nikdy neměl kvůli svému heliocentrickému názoru potíže s církevní autoritou, ale naopak papež Pavel III., jemuž věnoval svůj spis „O pohybu nebeských těles“, jmenoval Kopernika členem Papežské akademie a s poctami jej v Římě přijal. Církev v té době pokládala onu kauzu za ryze vědecký problém, který nemá s vírou co do činění. Zcela jinak ale vystupovali zakladatelé protestantské reformace Luther a Kalvín, pro něž heliocentrický názor znamenal „rouhání se Písmu svatému“. Argumentovali hlavně tím, že Mojžíšův nástupce Jozue poručil Slunci, aby se zastavilo, což chápali jako důkaz z Písma, že Slunce se otáčí kolem Země a ne naopak. Astronom Johann Kepler, německý protestant, hájící Kopernikovy názory, musel utéci z Lutherova Německa a po pobytu v Praze na dvoře Rudolfa II. byl pozván, aby přednášel na prestižní univerzitě v Bologni, jež se nacházela na území Papežského státu. Zajímavé je, že v té době i španělský velký inkvizitor zakládá na univerzitě v Salamance fakultu přírodních věd, kde se vyučovala mimo jiné i Kopernikova heliocentrická teorie.
Poprvé se setkáváme s negativním vyjádřením katolické církevní autority na adresu heliocentrické soustavy při procesu s Giordanem Brunem, obviněným z kacířství a pokusu o vraždu svého řeholního představeného. R. 1600 byl upálen na hranici. Bruno použil heliocentrického názoru jako argumentu pro svoji bludnou panteistickou teorii zbožštěného vesmíru, proto římská inkvizice v žalobě proti Brunovi odmítla mimo jiné i heliocentrismus, pokud byl chápán jako filozofie a nikoli jako přírodovědná hypotéza. Po r. 1600 probíhala na italských univerzitách vášnivá polemika ohledně heliocentrismu, zastávaného Galileem Galileim. Jeho odpůrci nepocházeli z církevních, nýbrž z vědeckých kruhů. Galileovi kolegové v převážné většině hájili geocentrismus, opírajíce se hlavně o stanovisko dánského astronoma Tycha Braha. Proti Galileovi mluvila skutečnost, že mu byly dokázány evidentní omyly v jeho dosavadní vědecké práci. Popíral například existenci komet, odmítal akceptovat, že Jupiter má své měsíce, obíhající kolem něj a nechtěl připustit, že mořský příliv je způsoben přitažlivostí Měsíce. Dnes je z ryze vědeckého hlediska zřejmé, jak hluboce se Galileo v tomto mýlil. Pochybnosti muselo vzbuzovat také arogantní vyjadřování Galileovo, který častoval své vědecké oponenty nadávkami typu „osel“, „imbecil“ apod. Tím vším se stával nevěrohodným.
Vášnivá polemika ohledně heliocentrismu brzy přesáhla ryze přírodovědnou oblast a dotkla se náboženství. Odpůrci Galilea jej obviňovali z urážky Písma sv. kvůli výše uvedené citaci z knihy Jozue. Tady již muselo zasáhnout sv. officium, které r. 1616 zakázalo publikovat knihy hlásající heliocentrický názor. Nebylo však bráněno hájit heliocentrismus jako čistě vědeckou hypotézu. Galileo měl připravenou k vydání knihu „Dialogy o dvou nejdůležitějších principech světa“, jež měla být polemikou s geocentrickým názorem a obhajobou heliocentrického. Získal k tomu i církevní schválení pod podmínkou, že kopernikánská teorie bude prezentována jako možná hypotéza a nikoli jako jednoznačná pravda. Galileo slíbil, ale slib nedodržel. V knize vystupuje jako zastánce geocentrismu jistý primitiv pod jménem „Simplicio“, což znamená doslova „blbec“. Jemu vkládá Galileo do úst i některé věty, pronesené papežem Urbanem VIII., jenž byl paradoxně Galileovým příznivcem a protektorem. Toto bylo hlavní příčinou, proč se Galileo musel zodpovídat před římskou inkvizicí.
Galileo, jenž působil v Padově, byl r. 1633 vyzván, aby se dostavil do Říma na inkviziční proces. Když tam přijel, bydlel na náklady sv. stolce v pětipokojovém bytě s vyhlídkou do vatikánských zahrad a dostal k dispozici osobního sluhu. Soudilo ho deset dominikánů z kláštera při kostele Panny Marie Vítězné, soudců sv. officia v Římě, žalobci však byli jeho kolegové – přírodovědci. Galilea neobviňovali z toho, že hlásá heliocentrický názor, ale že ho předkládá jako absolutní a závaznou pravdu, nikoli jako pravděpodobnou vědeckou hypotézu. Dominikánští soudci jej vyzvali, aby odvolal, což Galileo učinil. Byl odsouzen k opravdu „krutému“ trestu: musel se tři roky modlit jednou týdně sedm kajících žalmů. Rozsudek potvrdilo i příslušné kolegium kardinálů. Po procesu byl Galileo ubytován v nádherné vile Mediceů v Římě, kde měl možnost věnovat se vědeckému bádání. Odtud odešel brzy do Sienny jako host tamního arcibiskupa, jenž patřil k jeho příznivcům a kterému věnoval některé své práce. Byl nadále svobodným občanem a mohl nerušeně vědecky bádat. Právě tehdy napsal své stěžejní dílo „Dialogy o matematických důkazech“. Zemřel r. 1642, když předtím přijal svátosti a kněz, který jej zaopatřoval, mu přinesl také papežovo požehnání. Taková je pravda o Galileovi, jak ji dokumentuje ve své knize „Černé stránky dějin Církve“ Vittorio Messori. Vězení, mučení, tím spíše potom upálení na hranici je třeba odkázat do říše nepovedených pohádek.
Zbývá otázka, co by se stalo, kdyby Galileo neodvolal. Čekala ho hranice? V žádném případě, neboť v té době se již v Římě ani za kacířství neupalovalo, posledním popraveným heretikem ve Věčném městě byl r. 1600 Giordano Bruno. Galileo nebyl nadto obviněn ani z kacířství, pouze z neúcty k Písmu sv. a zlehčování jeho vážnosti, čehož se měl údajně dopustit svým kategorickým setrváváním na heliocentrismu jako jediné prokázané pravdě. Kdyby Galileo neodvolal, strávil by patrně jistou dobu ve vězení nějakého kláštera a po odpykání trestu by se vrátil ke své vědecké práci.
Přesto však jednání sv. officia nelze jednostranně hájit. Církevní autorita skutečně pochybila tím, že zasáhla do oblasti, v níž nebyla kompetentní: do svobody vědeckého bádání. Právem na to několikrát upozornil zesnulý papež Jan Pavel II., jenž se za to reprezentantům vědy veřejně omluvil. Jezuitský kardinál sv. Robert Bellarmin v Galileově době varoval sv. officium před tímto procesem a radil, aby se do tohoto čistě vědeckého sporu prominentních přírodovědců nevměšovalo. Upozorňoval na to, že zastavení Slunce, o němž hovoří biblická kniha Jozue, není přírodovědeckou pasáží, neboť Písmo sv. nemíní poučovat čtenáře, jestli se Země točí kolem Slunce nebo naopak. Církevní historik Barronio, také současník Galileův, napsal na toto téma krásná slova: „Písmo nás nechce informovat o tom, jak se nebe otáčí, ale o tom, jak se do nebe dostat.“ Lze jen litovat, že církevní soudci při procesu s Galileem nevzali vážně nauku sv. Augustina, jak ji vyjádřil ve svém výkladu Geneze, kde jasně píše, že Písmo sv. není přírodovědeckou učebnicí, nýbrž sdělením o Boží lásce k člověku. Proto Augustin nepovažuje za důležité, jestli Bůh stvořil svět v šesti kalendářních dnech nebo v šesti nedefinovatelných etapách a pokládá za zbytečné se tímto zabývat. Škoda, že těchto moudrých rad církevní soudci při procesu s Galileem nedbali. Církev by si tím ušetřila jednu trapnou epizodu svých dějin.
Na druhé straně ale v zájmu pravdy je třeba odmítat všechny lži, které se kolem celého případu rozšířily. Nutno též vidět i nemalé chyby, jichž se dopustil sám Galileo. Není náhodou, že právě on se stal symbolem údajného ustavičného „zápasu vědy a víry“, o němž neustále hovoří odpůrci Církve. I Galileo totiž překročil své kompetence, když odmítl přiznat své heliocentrické teorii, kterou nebylo tenkrát možno dokázat tak spolehlivě jako dnes, statut „vědecké hypotézy“ a trval na její absolutní pravdivosti a závaznosti.
Církev nikdy nebyla a není proti vědě, naopak všechny vědní disciplíny podporovala a podporuje.
Staví se ale kategoricky proti bludnému scientismu, to znamená absolutní nadvládě vědy a jejímu zasahování mimo její kompetenci, tj. do oblasti duchovních a morálních hodnot. Za takových podmínek věda v moderní době posloužila zločinným ideologiím nacismu a komunismu, vzpomeňme jen, že hitlerovci se dovolávali pro své zvrácené rasistické teorie „vědy“, právě tak jako komunisté ospravedlňovali třídní boj „vědeckými poznatky“. Proto církevní nauka nemůže být závislá na vědeckých teoriích, které se vyvíjí a mění s rozvojem vědy, kdy to, co platilo před pár lety, již neplatí, zatímco Boží zjevení je neměnné a věčně platné, nehledě také k obrovským možnostem zneužití vědy. Církev proto nikdy neakceptovala a nemůže akceptovat darwinisticko-marxistickou teorii, že člověk se vyvinul ze zvířete a tudíž je jenom nejdokonalejším zvířetem, ačkoliv jinak neodmítá vývoj v rámci určitých živočišných druhů, což je ryze přírodovědný a nikoli náboženský problém. Stejně tak se Církev nikdy nepostavila proti očkování, narkóze a užití opiátů za účelem tlumení bolesti, i když v některých proticírkevních publikacích je možno se dočíst pravý opak. Církevní autorita pouze upozorňovala, že tyto prostředky nesmějí být používány k jiným než ryze medicínským účelům, jak se vyjádřil jasně a nedvojznačně na počátku 20. stol. papež sv. Pius X..
V poslední době věda značně překračuje své kompetence v oblasti klonování a pokusů na lidských embryích. Toto nemá se svobodou vědeckého bádání co dělat, tady se jedná o počaté lidské životy, které nesmějí být obětovány na oltáři vědy. Církev připomíná, že věda má svá tabu, své hranice. Ty jsou dány zejména ochranou lidského života. Proto se papež Pavel VI. neváhal prezentovat se svojí encyklikou „Humanae Vitae“ r. 1968 před světem jako údajný „odpůrce vědy“, když odsoudil umělou antikoncepci jako prostředek k zabránění početí, neboť antikoncepční preparáty působí nebo mohou působit také abortivně, tj. ničí už oplodněné vajíčko. Dnes nehrozí tak jako v době Galileově, že by církevní autorita překročila své kompetence a zasahovala neoprávněně do svobody vědeckého bádání, dnes naopak existuje velké nebezpečí opačného charakteru, totiž že věda ve službách vlivných finančních lobby se začne vměšovat i do oblasti ducha a etiky a jen ona bude stanovovat, co je pravdivé a morální. Takový vývoj, jehož náznaky zakoušíme už teď, by z hlediska humanismu byl nejen nežádoucí, nýbrž i nebezpečný a je třeba děkovat církevní autoritě, především posledním papežům, že na to upozorňují a před tím varují.