Zhruba od smrti Jana VIII. r. 882 nastalo pro papežství období těžké zkoušky, trvající až do poloviny 11. století. V církevních dějinách je známo jako tzv. „saeculum obscurum“, tj. temné století. Do volby papežů zasahují vlivné římské rody a také římskoněmečtí císařové. Ti všichni dosazují na stolec sv. Petra své loutky, kterým velmi často chybí známky zbožného života a mravní bezúhonnosti. Jestliže od sv. Petra až do Jana VIII. nelze proti žádnému papeži vznést námitku pohoršujícího chování, je možno poukázat pouze na omyly v rozhodování a ve 2 případech na věroučné bludy (srovnej předchozí díly seriálu), od konce 9. století se během cca 150 let vyskytlo několik pontifiků, jejichž duchovní i mravní profil byl velmi pochybný.
Papežství nástrojem v rukou světských vládců
Po Janu VIII. se vystřídalo na stolci sv. Petra několik slabých osobností. Za pontifikátu Štěpána V. r. 891 si přední italský šlechtic Quido ze Spoleta na něm vynutil, aby určil za svého nástupce biskupa Formosa, Quidova přítele. To vyvolalo v Římě, kde papežové byli voleni lidem, bouři odporu, takže musel zasáhnout německý král Arnulf, jenž vojensky obsadil Řím a nechal se od papeže korunovat císařem. Formosus se Arnulfovi podrobil a tím upadl u Quida Spoletského v nemilost.
Po odchodu německých vojsk z Říma papež Štěpán VI. r. 896 na příkaz spoletských magnátů poručil vykopat Formosovu mrtvolu a přinést ji na jím svolanou synodu, kde posmrtně Formosa odsoudil jako kacíře. Tato nechutnost vyvolala povstání římského obyvatelstva, Štěpán byl uvržen do vězení a tam zardoušen.
Na počátku 10. století ovládli Řím bohatí velmoži Teofylakt s manželkou Teodorou a dcerami Marozií a Teodorou mladší. Tyto ženy byly známé svým nevázaným sexuálním životem a protlačovaly na papežský stolec své milence nebo syny. Současníci nazvali tuto dobu „pornokracií“ neboli „vládou děvek“. Neřestný papež Sergius III. (904–911) je uváděn jako milenec senátorky Marozie. Ta zasahovala do papežské volby až do té míry, že svého syna zplozeného z hříšného poměru se Sergiem intrikami prosadila na papežský stolec jako Jana XI. (931–935), jenž při nástupu do úřadu měl pouhých 20 let. Skrze tohoto nezkušeného mladíka ovládala Marozia církev. Podobný scénář zopakovali Maroziini příbuzní zhruba o 20 let později, kdy již nežila, u jejího vnuka, který jako Jan XII. (955–964) započal svůj úřad náměstka Kristova ve věku pouhých 17 let.
Legenda o „papežce Johance“
V těchto neutěšených a takřka svatokrádežných poměrech, jež zavládly v Římě, nutno hledat kořeny pozdější báchorky o „papežce Johance“, které věřili Hus i Luther. První, kdo tuto pověst zveřejnil, byl biskup Luitprand z Cremony, kronikář a pamětník těchto smutných událostí. Napsal ironicky, že v Římě nevládl papež Jan (Johan), ale papežka Johanka, jak si prý vyprávěl římský lid. Šlo o satirickou narážku na to, že místo mladého Jana XI. ze zákulisí řídila církev jeho matka Marozia, již Římané proto posměšně nazývali „papežkou Johankou“.
Ve 13. století německý kronikář Martin z Opavy, který tento Luitprandův text četl, nepochopil jeho ironii a vzal narážku na papežku Johanku jako skutečnost. Sám k tomu ještě něco přidal ze své vlastní fantazie, takže se dozvídáme, jak prý tato údajná papežka se vydávala za muže, aniž to kdokoliv zjistil a byla odhalena a vyhnána teprve poté, co při procesí porodila dítě. Tuto svoji bajku Martin však nedatuje v konkrétních letopočtech.
Proto se později pokoušeli různí renezanční a protestantští kronikáři a letopisci, kteří uvěřili vyprávění Martina z Opavy, najít v seznamu papežů nějakou „skulinu“, kam by mohli tuto údajnou „papežku Johanku“ umístit, vybírali si k tomu některé delší doby mezi úmrtím jednoho papeže a volbou jeho nástupce, v 8. a 9. století to někdy trvalo déle než rok, nicméně vždycky se jednalo o pouhé prázdné spekulace.
Solidní historiografie nikdy tuto báchorku nepřijala. Před 10. stoletím se s ní nikde nesetkáváme. V 10. století potom zpráva Luitpranda z Cremony má jasně a jednoznačně ironicko-satirický charakter, autor chce zesměšnit skutečnost, že místo mladého a nezkušeného papeže Jana řídila církev jeho matka.
Silvester II.
Světlým jevem v tomto temném období pro papežství je Silvester II. (999–1003), přítel českého sv. Vojtěcha. Oba spojovaly úzké vazby k tzv. clunyjskému hnutí (srov. v další části seriálu).
Pocházel z Francie, byl ale arcibiskupem v italské Ravenně a jmenoval se původně Gerbert z Aurillacu. Zbožný německý císař Otto III. si ho zvolil za svého důvěrného rádce a právě on prosadil jeho volbu papežem.
Gerbert z Aurillacu patřil mezi největší učence své doby. Byl matematikem, filozofem a astronomem, jako první v dějinách zkonstruoval glóbus. Dokonale znal také islám, ještě jako mladý odešel studovat korán do španělské Cordoby, která se nacházela pod maurskou (muslimskou) vládou. Vedl přísný asketický život a vyžadoval ho také od jiných. Když se stal papežem, změnil si jméno na Silvester a zavedl toto jako všeobecné pravidlo i pro své nástupce. Argumentoval tím, že náměstkové Kristovi by se měli jmenovat po nějakém katolickém světci, což u občanských jmen v Římě nebývalo vždycky běžné, proto papež při zvolení by měl přijmout nové jméno. Toto Silvestrovo ustanovení přetrvalo až do současnosti.
Papež Silvester se pokusil o principiální reformu církve v Římě, kde nemravný život některých papežů se stal nakažlivým pro klérus i lid. U duchovenstva se rozšířila simonie, tj. kupování církevních úřadů (název pochází od kouzelníka Šimona, jenž podle Skutků apoštolských si chtěl koupit od apoštolů duchovní moc), obyvatelstvo i kněží se oddávali neřestem všeho druhu. Silvester vydal nařízení proti simonii a proti ostentativnímu porušování 6. a 9. přikázání. Neuspěl, římská šlechta a měšťanstvo r. 1001 proti němu povstaly a vyhnaly ho. O dva roky později zemřel. K Silvestrově neoblibě přispěl také fakt, že byl do úřadu protlačen německým císařem, jehož Římané chápali jako okupanta.
Zmatky v Římě až do r. 1045
Po smrti Silvestra II. došlo k vzájemným politickým i ozbrojeným bojům o „právo“ na papežský stolec mezi nejmocnějšími římskými patricijskými rody. Vítězem se stal rod Tuskulánský, z něhož pocházela až do 40. let 11. století většina papežů, většinou průměrných nebo mravně nekvalitních osob oddaných mamonu.
Takovým byl i Benedikt IX. (1032–1044), který nastoupil na Petrův stolec ve věku pouhých 18 let. Jeho až chorobná hrabivost a lakota popuzovaly proti němu stále početnější část římského obyvatelstva. Do čela nespokojenců se postavil ušlechtilý kněz Gracián, velký bojovník proti simonii kléru. Ve snaze zabránit povstání proti Benediktovi a krveprolití učinil papeži, jehož znal jako posedlého penězi, návrh, aby rezignoval za 1000 kop stříbra. Benedikt souhlasil, Graciánovi se podařilo mezi lidem stanovenou částku shromáždit. Římské obyvatelstvo poté spontánně zvolilo Graciána papežem, ten přijal jméno Řehoř VI.
Tím skončila éra ponížení papežského úřadu a nastala epocha velkolepé reformy, která trvala zhruba 200 let. Pro církev bylo štěstím, že tento úpadek se nedotkl jí celé a zůstal omezen pouze na Řím, respektive střední Itálii. V jiných částech Evropy naopak utěšeně vzkvétaly misie a klášterní život, jehož nejvýraznějším projevem bylo hnutí vzešlé z kláštera ve francouzském Cluny, které blahodárně ovlivnilo i samotné papežství a vývoj v Římě. O tom pojedná další část seriálu.