O životech papežů po sv. Klementu mučedníkovi (zemřel kolem r. 100) až do milánského ediktu r. 313, kdy císař Konstantin udělil církvi svobodu, máme poměrně málo zpráv. Víme o nich v podstatě pouze tolik, že byli uctíváni jako světci a mnozí též jako mučedníci, více údajů se nachází pouze u těch, kteří učinili nějaké významné rozhodnutí s platností pro celou církev. Nicméně existuje jejich úplný seznam, pořízený raně křesťanským spisovatelem Hegesipem a dalšími autory, jakož i dostatek dokladů o tom, že autorita římských biskupů byla celou tehdejší církví respektována a uznávána.
Papežové 2. století
Raně křesťanská literatura hovoří o následovnících sv. Klementa Římského jako o mučednících pro Krista. Totéž platí i o sv. Piovi I., jenž stál v čele církve v letech 140–155. Za jeho pontifikátu byl pořízen první seznam novozákonních knih, které byly určeny k četbě při liturgii. S výjimkou 2. a 3. listu sv. Jana a 2. listu sv. Petra jsou tady uvedeny všechny novozákonní spisy tak, jak my je známe. Papež Pius také stanovil, že ze žádných jiných knih nesmí být při liturgii předčítáno. Jednalo se o opatření proti tzv. apokryfním evangeliím a jiným podobným spisům, které byly falešně připisovány apoštolům jako jejich díla, obsahovaly věroučné bludy a hojně se šířily. Piův seznam je důkazem, že seznam kanonických knih, tj. inspirovaných Duchem Svatým, byl znám už od nejstarších dob existence křesťanství, i když věroučná pravda o inspiraci byla formulována až ve 4. století.
O tom, že římští papežové byli pokládáni za nejvyšší autoritu v církvi, svědčí skutečnost, že se k nim obraceli heretikové popírající člověčenství Ježíše Krista, tzv. gnostikové a marcionisté, se žádostmi o uznání svých nauk. Píší o tom sv. Irenej a Tertullian. Irenej, biskup z Lyonu, se ve svém spise proti heretikům odvolává právě na rozhodnutí římských biskupů jako nositelů „apoštolské tradice“, kteří tyto bludné nauky odsoudili.
Dalším nástupcem sv. Petra, o němž víme víc, než že pouze stál v čele Církve a zemřel mučednickou smrtí, byl Viktor I. (189-198), který rozhodl mocí a autoritou viditelné hlavy Církve o jednotném datu slavení Velikonoc všemi křesťanskými obcemi v tehdejší Římské říši.
Papežové 3. století, rozkol Hippolytův a Novatiánův
Na počátku 3. století se mezi křesťanskými obcemi rozhořel spor o to, jestli biskupové a kněží mohou odpouštět všechny hříchy. Rigoristé v čele s římským knězem Hippolytem hlásali, že tzv. kapitální hříchy, tj. vražda, odpad od Církve a krvesmilstvo nelze odpustit. Papež sv. Zefyrin (198–217), taktéž pozdější mučedník, naopak trval na stanovisku, že neexistuje hřích, jenž by nemohl být odpuštěn, když kajícník upřímně lituje a projevuje vůli ve hříchu dále nepokračovat. Toto přesvědčení demonstroval přímo na liturgii, kterou sloužil. Do shromáždění věřících přiběhl tenkrát jistý Natal, jenž s pláčem vyznal svůj hřích (nevíme, jaký), spadající právě do kategorie těch, které rigoristé nechtěli odpouštět. Zefyrin mu přikázal vykonat tvrdé pokání a poté mu udělil rozhřešení.
To vyvolalo bouři odporu Hippolyta a jeho stoupenců. Protože nástupce Zefyrinův sv. Kalixt I. (217–222), taktéž pozdější mučedník, názorově souhlasil ve věci odpuštění hříchů se svým předchůdcem, rigoristé jej prohlásili za nepravého papeže a zvolili místo něj kněze Hippolyta. Ten se tak stal prvním vzdoropapežem církevních dějin.
Nicméně za pronásledování císaře Maximina Thraxe byl Hippolyt odsouzen k deportaci a pracím ve stříbrných dolech na Sardinii. Tentýž trest za vyznávání víry v Ježíše Krista postihl i pravého papeže Pontiana (230–235). Společný trpký úděl oba muže sblížil, Hippolyt uznal svůj omyl, oba dva poté zemřeli společně mučednickou smrtí a jsou Církví ctěni jako světci a mučedníci. Hippolyt však není v církevním kalendáři uváděn jako papež ani jako biskup, pouze jako kněz.
Podle papeže sv. Kalixta jsou nazvány i známé římské katakomby, kam se římští křesťané uchylovali ke slavení liturgie. Hippolytovo vzdoropapežství nám zanechalo jeho pontifikál (knihu obřadů), který je dokladem, jak tehdejší prvotní církev slavila mši sv. V Hippolytově pontifikálu se nachází též jeho mešní kánon, který se stal základem pro současný I. kánon dnešní liturgie, zvaný římský, jakož i pro II. kánon, který taktéž známe ze současné mše. Sv. Hippolyt proslul také jako významný církevní spisovatel, zaměřil se hlavně na vyvracení různých pochybných proroctví a zjevení a na boj proti herezi montanismu (montanisté neuznávali hierarchickou strukturu Církve a hlásali, že prý stačí pouze nechat se vést Duchem Svatým).
Jak píše církevní historik Eusebios z Cesareje ve 4. století, papežové sv. Zefyrin a sv. Kalixt uplatňovali moc a autoritu náměstků Kristových ve 3. století proti bludu monarchianismu, podle něhož byl Kristus pouhým člověkem a nikoli Bohem, i když v něm prý přebývala zvláštním způsobem Boží moudrost. Na kříži údajně netrpěl a nezemřel za lidské hříchy člověk Ježíš, ale Bůh Otec. Papež Zefyrin jasně prohlásil s věroučnou autoritou: „Znám pouze jediného Boha Ježíše Krista, jenž… byl zplozen a trpěl“ a „nebyl to Otec, kdo zemřel, nýbrž Syn“.
Dalším schizma na papežském stolci se vyskytlo po r. 250. Kruté pronásledování císaře Decia, který nařídil všem občanům říše povinně obětovat pohanským bohům pod trestem mučení a smrti, vedlo mnoho křesťanů ke krásnému a dojemnému hrdinství, s nímž podstoupili smrt. Papež Fabian šel příkladem, zemřel statečně na popravišti r. 250 s vyznáním Kristova jména na rtech. Nicméně vyskytla se též řada takových, kteří zapřeli. Někteří ve snaze vyhnout se kruté popravě podpláceli úředníky, aby jim napsali doklad, že obětovali, i když to nebyla pravda.
Poté, co císař Decius padl r. 251 ve válce proti Gotům, zdecimované křesťanské obce poznenáhlu obnovovaly svou činnost díky těm křesťanům, které již nestačily úřady popravit, a také díky těm, kteří se ukryli v horách. Mnozí z těch, kteří ze strachu a slabosti zapřeli, však chtěli být opět přijati do církve. Papež sv. Cornelius (251–253) souhlasil, když se podrobí přísnému pokání. Římský kněz Novatianus to však odmítl a trval na stanovisku, že pro odpadlíky není žádného návratu zpět. Protože papež Cornelius, podpořen biskupem z Karthaga sv. Cyprianem, tento názor odmítl jako blud, Novatian prohlásil Cornelia za sesazeného a nechal se svými stoupenci zvolit vzdoropapežem. V tomto stavu někdy kolem r. 258 zemřel nesmířen s církví.
Papež sv. Cornelius byl popraven pro víru v Ježíše Krista r. 253. Je katolickou církví ctěn jako mučedník spolu se sv. Cyprianem, popraveným o několik let později.
Papež sv. Štěpán I. (254-257) rozhodl autoritou Petrovou ve sporu afrických biskupů, jestli odpadlíci a heretikové, kteří konvertovali zpět do církve, mají či nemají být znovu křtěni, ve prospěch toho druhého za předpokladu, že křest byl udělen platně. Přitom se jako první papež odvolal na slova Kristova: „Ty jsi Petr (skála) a na té skále zbuduji svou církev…“
Za pronásledování císaře Valeriana byl pro Krista popraven papež sv. Sixtus II. (257–258). Jeho jáhnem byl sv. Laurentius (Vavřinec), mající na starosti charitu římské křesťanské obce, odsouzený k smrti upálením na roštu. Velký počet chudých a potřebných osob, kterým římská obec pomáhala a o nichž píší pozdější autoři, je dokladem obrovské péče, jakou papežové té doby věnovali charitativní práci.
Papež Dionysius (260–268) musel věroučnou autoritou náměstka Kristova zavrhnout bludy egyptského původu o tom, že prý Otec, Syn a Duch Svatý jsou nejenom rozdílné osoby, nýbrž mají i rozdílnou podstatu, čímž fakticky uznávaly trojbožství. V Římě propagoval tyto hereze jistý Sabellius, proto se pro ně vžil název „sabellianismus“.
Posledním papežem éry pronásledování křesťanů římskými pohanskými císaři byl Miltiades (311–314). Papežové od sv. Petra až do Miltiada jsou všichni bez výjimky uctíváni v katolické církvi jako světci, u většiny z nich máme též zprávy, že zemřeli jako mučedníci. Šli příkladem ostatním věřícím, nezapřeli Krista a statečně mu vydali svědectví na popravišti. Krom toho vynikali bezpochyby svatým a příkladným životem, i když prameny o jejich soukromí a o jejich chování mlčí. Píší ale o mravní přísnosti prvotní církve, která ukládala hříšníkům tvrdé pokání ve formě těžkých postů trvajících i léta, almužen a poutí. Na příkladný život prvotních křesťanů poukazovali i nekřesťanští autoři (Lukianos, Celsos aj.).
Biskupové byli voleni celou shromážděnou křesťanskou obcí, což se týkalo i římských biskupů. Je absurdní představa, že by do čela církve v atmosféře tehdejšího důrazu na vysokou mravní úroveň zvolili římští křesťané někoho, kdo by nevynikal ctnostným a svatým životem.