Tito pedagogové i jejich žáci by patrně stáli s otevřenými ústy nad statistikou, že v zemích obsazených nacisty byl procentuálně nejvíce postižen vězněním právě duchovenský stav. Podle dosud neúplných údajů více než 7 tisíc kněží a řeholníků prošlo nacistickými koncentráky, další tisíce byly potrestány administrativně, téměř 3 tisíce položily svůj život na popravištích, v táborech nebo při vyčišťovacích operacích SS.
Německý nacismus byl svým ideovým zaměřením stejně protikřesťanský jako komunismus. Důkazem je Hitlerův „Mein Kampf“, zejména ale Rosenbergův „Mýtus 20. století“, považovaný za „bibli“ německého nacionálního socialismu. Ježíš Kristus byl podle něho „špinavým židem“ a velkým podvodníkem dějin. Nacisté nevěřili v osobního Boha, pouze v neosobní „prozřetelnost“, jakousi duši přírody, která se prý realizuje v německém nadčlověku. Hitlerovský režim postupně zaváděl místo křesťanských bohoslužeb starogermánské pohanské kulty, provozované ve speciálních síních SS.
Katolická církev viděla od prvopočátku v nacismu stejného nepřítele jako v komunismu. Němečtí biskupové zakázali katolíkům ve volbách r. 1931 volit nacistickou stranu a vydali pastýřský list, v němž odsoudili učení Hitlera a Rosenberga jako novopohanské a Církvi nepřátelské. Když se Hitler stal r. 1933 říšským kancléřem, ukázal však nejprve Církvi přívětivou tvář a uzavřel s Vatikánem konkordát. Toto je proticírkevní propagandou lživě označováno za „uznání Hitlerova režimu papežem“. Pravda je taková, že Vatikán měl uzavřené konkordáty i s předchozím demokratickým Německem (tzv. Výmarskou republikou) a s předválečným císařským Německem, nejednalo se však o konkordáty s platností pro celou říši, nýbrž jen pro některé země (Bavorsko, Sasko…). Poněvadž Hitler ve svých uniformistických snahách měl zájem na jednotném konkordátu pro celý stát, což vyžadovalo novou smlouvu, vyšel mu papež Pius XI. vstříc, ale vymínil si do jejího textu pasáže o respektování náboženské svobody.
Ihned se ukázalo, že nacisté dovedli slíbit a podepsat, ale vzápětí se všemu cynicky vysmát. Do roku 1935 byly zakázány všechny katolické spolky, do r. 1940 zastaven veškerý katolický tisk a zrušeny církevní školy, v katolickém Bavorsku a Porýní úřady nařídily odstranění křížů ze škol. R. 1934 zavraždily oddíly SS katolického politika Ericha Klausenera v jeho bytě, v koncentračním táboře Dachau umučili dozorci katolického novináře Fritze Gerlicha, přítele a propagátora stigmatizované vizionářky Terezie Neumannové. Biskupové se ozvali proti hitlerovskému teroru společnými pastýřskými listy r. 1934 a 1935. Mnichovský kardinál Michael Faulhaber měl od r. 1933 dlouhou sérii kázání proti nacismu a na obranu židovského národa. Hitler si jej zavolal po vyhlášení norimberských rasových zákonů r. 1936 k soukromému pohovoru na své horské sídlo v Obersalzbergu. Faulhaber o tom píše ve svých vzpomínkách: „Řval na mne a se vztyčeným ukazováčkem si stěžoval, že Katolická církev je největším odpůrcem protižidovských zákonů a největší brzdou jejich realizace. Odpověděl jsem mu, že pro nás to není otázkou taktiky, nýbrž dogmatiky a morálky. Po těchto mých slovech Hitler vztekle ukončil audienci.“ (Anselm Reichhold: Der Widerstand der kath. Kirche gegen den Nationalsozialismus, Fels 7/1997). V listopadu 1938 proběhla v celém Německu tzv. křišťálová noc, v níž příslušníci Hitlerjugend zapálili všechny synagogy. Jejich pomstě neunikla ani sídla některých biskupů, označených za „přátele židů“, mj. i rezidence mnichovského kardinála Faulhabera a vídeňského kardinála Innitzera. Proti ničení synagog protestoval veřejně z kazatelny probošt katedrály v Berlíně bl. Bernhard Lichtenberg, později zatčený gestapem a umučený při převozu do Dachau. Biskup z Rottenburgu Johannes Sproll byl kvůli obraně církevních škol zatčen a internován mimo diecézi. Velký rozruch vzbudila r. 1941 čtyři odvážná kázání münsterského biskupa Clementa von Galena proti eutanázii, praktikované nacistickým režimem vůči přestárlým a duševně nemocným. Galenova kázání někdo propašoval do zahraničí (Churchill se po jejich přečtení vyjádřil: „Nevěděl jsem, že existují i takoví Němci…“), věhlas ho zachránil před zatčením, úřady nařídily pouze internaci v biskupské rezidenci, mnoho diecézních kněží však bylo odvezeno do koncentračního tábora jako „rukojmí za biskupa“. R. 1943 němečtí biskupové vydali společný pastýřský list, v němž odsuzují nacistické zabíjení lidí z důvodů jiné rasy, nemoci nebo nesouhlasu s režimem (srv. Reichhold: Der Widerstand…).
Podobně byla Církev pronásledována i v okupovaných zemích, nejhůře v Polsku, kde více než polovina biskupů buď emigrovala nebo se octla v koncentrácích, v Dachau zemřel po smrtící injekci biskup diecéze Włocławek bl. Michal Koźal. Počet obětí z řad polského kléru jde do tisíců, nejznámější je bezpochyby sv. Maxmilián Kolbe. V okupovaném Povartí německé úřady zakázaly katolický kult a zavedly novopohanské obřady. Také v našich zemích zaplatila Církev nacismu svoji daň, koncentračními tábory prošlo více než 500 duchovních, zhruba 60 položilo svůj život, mj. i farář z Lidic Josef Štemberka. Nacisty vyvražděná obec Ležáky byla katolickou vesnicí. Olomouckého arcibiskupa Leopolda Prečana internovalo gestapo na Sv. Kopečku (srv. Václav Medek: Cesta české a mor. církve staletími, Praha 1982, str. 336). O utrpení českých i evropských katolíků za hnědé totality podává přesné informace vězeň koncentračního tábora Dachau, katolický kněz Bedřich Hoffmann, ve své knize „A kdo vás zabije…“, která snad nejlépe vyvrací komunistické i liberální klišé o „spolupráci Církve s nacisty“.
Papež Pius XI. tvrdě odsoudil nacismus r. 1937 v německy psané encyklice „Mit brennender Sorge“ (S palčivou péčí). Stalo se tak v době, kdy svět propadl prohitlerovské eufórii po olympijských hrách v Berlíně. Hlas papežův byl tenkrát osamocený. Jeho nástupce Pius XII. vystoupil veřejně proti nacismu během války 17 krát, nejostřeji ve vánočním poselství r. 1942, kde odsoudil zabíjení lidí z rasových důvodů. Pokud někdo tvrdí, že Pius XII. učinil málo, tak je třeba s tím srovnat, že představitelé protihitlerovské koalice nejenže neodsoudili nacistický holocaust, ale dokonce uvalili mediální embargo na zprávy o něm. Nevyhověli ani žádostem některých židovských organizací, aby byly bombardovány tratě vedoucí do Osvětimi. Pius XII., na rozdíl od Roosevelta či Churchilla, ohrožen nebezpečím deportace, kterou, jak potvrzují nejnovější informace publikované v médiích, pro něj chystal Himmler, se tak stal s výjimkou dánského krále jediným státníkem, jenž o vyhlazování tzv. „rasově méněcenných“ lidí nacistickým režimem otevřeně mluvil. Tento papež má přímou nebo nepřímou zásluhu na záchraně cca 800 tisíc Židů buď diplomatickými intervencemi nebo organizováním úkrytů v katolických institucích, zvláště v Římě r. 1943, kdy se podařilo většinu tamních Židů, určených k deportaci, zachránit. Mnoho významných osobností židovského světa (Pinchas Lapide, Albert Einstein, Golda Meirová aj.) mu veřejně poděkovalo, římský vrchní rabín Izrael Zolli, sám zachráněný díky katolické pomoci, pod dojmem osobnosti Pia XII. konvertoval ke katolicismu. Taková jsou fakta, zdokumentovaná ve skvělé knize Pierra Bleta „Pius XII.“ (vydala r. 2002 Matice cyrilometodějská Olomouc).
Církev je také podrobována kritice za údajné „spojenectví“ s Mussoliniho fašismem v Itálii. Faktem je, že papež Pius XI. r. 1929 uzavřel s Mussoliniho vládou tzv. Lateránské dohody, jimiž byl zřízen dnešní ministát Vatikán. Italský fašismus je třeba odlišit od německého nacismu. I když byl diktaturou, neexistovaly tam vyhlazovací koncentrační tábory jako v nacistickém Německu nebo v bolševickém Rusku, Židé měli zajištěnou právní ochranu, věda a kultura se rozvíjely svobodně. Proto Mussoliniho fašistický režim si získal uznání i na mezinárodní scéně, také první Československá republika s ním měla přátelské styky. Mussolini, ač sám odpůrce křesťanství, si cenil přínosu Církve pro společnost a choval se k ní lépe než předchozí zednářský režim. Nicméně to neznamená, že nedocházelo ke konfliktům. I fašismus byl ideologicky neslučitelný s katolickou naukou, proto Církev dala spisy jeho hlavního ideologa G. Gentileho na index zakázaných knih. V rozporu s církevní doktrínou byl fašistický požadavek absolutní moci státu a nekritické vyzdvihování starého římského pohanství proti křesťanství. Když italské školy nutily děti k účasti na branných cvičeních v neděli v době konání mší sv., protestuje Pius XI. r. 1931 encyklikou „Non abbiamo bisogno“, stejně tak vyjadřuje svůj nesouhlas s válkou fašistické Itálie proti Habeši r. 1936 a s Mussoliniho podpisem mnichovské dohody r. 1938. Prezident Beneš vděčně vzpomíná ve svých Pamětech, že jediný papež mu tenkrát zaslal poselství sympatií. Pius XII. se snažil zabránit vstupu Itálie do války po boku Hitlera. Marně. Mussolini tak učinil r. 1940, a tím se stal vazalem III. říše. Konflikty mezi státem a Církví se potom stupňovaly, po svržení Mussoliniho a obsazení značné části území Němci došlo k otevřenému pronásledování, které vedlo k vraždám mnoha italských duchovních a jejich deportaci do koncentračních táborů.