Na Sátorovu radu odchází studovat do Brna na německé gymnázium. Četba protikatolických autorů jej přivedla k vnitřnímu rozchodu s Církví a ke konfliktu s vedením gymnázia, když odmítl přistoupit k velikonoční zpovědi, povinné pro všechny studenty, zapsané do výuky náboženství. Protože při tomto střetnutí ohrožoval ředitele gymnázia pohrabáčem, musel odejít. Zásluhou policejního prezidenta Antona Le Monniera, jehož syna doučoval, byl přijat na Akademické gymnázium ve Vídni, kde maturoval a posléze r. 1876 absolvoval na filozofické fakultě obor klasické filologie. To již byl katolické víře úplně vzdálený. Stal se liberálním agnostikem, lhostejným k náboženským otázkám.
Vídeňský bankéř Rudolf Schlesinger, jehož děti doučoval, mu zaplatil postgraduální studium na univerzitě v Lipsku. Tam se Masaryk seznámil se svou budoucí ženou, Američankou Charlottou Garriguovou, která byla členkou unitářské náboženské obce. Unitáři věří v Boha, ale nikoli v Ježíše Krista. Toho považují za pouhého mudrce, filozofa a nábožensko-mravního reformátora na stejné úrovni s Buddhou, Mohamedem, Zoroasterem atd. Paní Charlotta přivedla Masaryka opět k zájmu o náboženství.
R. 1879 publikuje T. G. Masaryk svůj habilitační spis „Sebevražda hromadným jevem lidské společnosti“, v němž poukazuje na to, že v katolickém středověku sebevraždy téměř neexistovaly. Vidí přímou úměru mezi novověkým nárůstem počtu sebevražd a ztrátou víry. To je bohužel jediné Masarykovo pozitivní hodnocení Katolické církve. Všechna další, jak se s nimi seznamujeme v jeho spisech, byla už pouze negativní.
R. 1880 Masaryk oficiálně vystupuje z Katolické církve a stává se věřícím protestantské reformované církve v evangelickém kostele v Heršpicích na Moravě. O Masarykově světonázorové a myšlenkové nedůslednosti svědčí jeho výrok, zaznamenaný v rozhovoru s Ludwigem: „Kalvín je mi osobně zcela cizí…“ Proč potom ale vstupoval do kalvínsky orientované náboženské komunity? Nikdy také nebyl jejím praktikujícím věřícím a brzy se dostal do konfliktu jak se superintendentem (nejvyšším církevním představeným) Ferdinandem Císařem, tak i s farářem Janem Karafiátem, autorem známých „Broučků“, dodnes živého literárního díla pro děti.
Masaryk věřil v Boha a v nesmrtelnost lidské duše, nikoli však v Božství a v zázraky Ježíše Krista. V polemice s Karafiátem, který je hájil, napsal v časopise „Naše doba“: „Každý jen poněkud vzdělaný teolog dnes musí připustit, že evangelia nepodávají slov Ježíšových a historického Ježíše doslova a přesně, ale že jsou to formulace náboženských ideálů konce 1. a začátku 2. stol… Moderní člověk a ortodoxní teologie stojí proti sobě nesmiřitelně… Panu faráři (Karafiátovi, pozn. autora) je Ježíš Bohem, mně jen člověkem.“ Tento svůj výrok Masaryk nikdy nekorigoval.
Jako profesor Karlovy univerzity, poslanec a publicista ostře napadal Katolickou církev. Nejtvrději se s ní střetl v tzv. Judově aféře let 1905-6. Bezbožecký spolek „Volná myšlenka“ zorganizoval tenkrát v Prostějově protikatolickou výstavu malíře Kupky, do jejíhož almanachu napsal úvodník profesor tamní reálky Karel Juda. V něm tvrdil, že „každé náboženství je podvodem a kšeftem“. Prostějovský farář a katecheta, známý básník Karel Dostál-Lutinov, vyzval Judu, aby se za to omluvil. Když odmítl, zveřejnil Dostál v „Hanáckém kraji“ článek, v němž protestoval proti tomu, že učitelé pod pláštíkem „svobody svědomí“ si mohou dovolit urážet náboženské cítění věřících. Proti Judovi se postavili rodiče katolických žáků, jichž byla tenkrát většina. Pozice tohoto profesora se stala neudržitelnou, proto byl přeložen na gymnázium do Příbora.
To vyvolalo vášnivé protesty odpůrců Církve. Vysokoškolští studenti uspořádali schůzi v pražském hostinci „U Helmů“, kde promluvil Masaryk. Vytkl Dostálovi „udavačství“ a pronesl na adresu všech katechetů památnou větu: „Takový katecheta, to je státem placený denunciant.“ Byla to jasná veřejná pomluva, proto se také katecheti z českých zemí bránili soudně. Jejich mluvčím se stal pozdější českobudějovický biskup Šimon Bárta. Soud nakonec Masaryka osvobodil, protože tehdejší rakouský zákoník neznal postih urážky na cti celé profesní skupiny, trestal pouze urážku jednotlivce. Masarykovi však bylo přikázáno, aby se podobných výroků zdržel, neboť je nemohl dokázat. Dostálův veřejný článek byl legitimní polemikou s jiným veřejným článkem, čili žádnou denunciací. Na moravském zemském sněmu v Brně katoličtí poslanci v čele s Mořicem Hrubanem a Antonínem Cyrilem Stojanem podali návrh na zákonný postih Masarykových výroků. Nepochodili však, protože převahu zde měli protikatoličtí liberálové.
Svůj bytostný odpor ke katolicismu prokázal Masaryk r. 1906 při tzv. Královéhradecké disputaci s tamními profesory diecézního semináře Reylem, Šulcem a Jemelkou. Zde prokázal své chabé znalosti katechismu, ačkoliv se chlubil, jak důkladně se zabývá křesťanskou problematikou. Neposkvrněné Početí Panny Marie si pletl s jejím panenským zrozením Ježíše Krista, tzv. „bratry Páně“ pokládal za fyzické bratry Ježíšovy, uchýlil se dokonce ke lži, když tvrdil, že prý v Římě existuje jako svatý ostatek i tzv. předkožka Kristova. Prof. Reyl, který velmi dobře znal z dob svých studií všechny římské chrámy, mu však dokázal, že žádný takový „ostatek“ se v římských chrámech nikde nenachází.
Nechutnou antikatolickou agresivitu prokázal Masaryk r. 1908 u příležitosti tzv. Konečného aféry. Ateista Konečný byl řídícím učitelem v obci Komňátka na Šumpersku, kde právě zemřel učitel Talpa. Ten si ve své závěti nepřál mít církevní pohřeb. Jeho manželka byla však jiného názoru a prosila místního kněze Číhala, aby předtím alespoň hrob vykropil svěcenou vodou. Páter Číhal vdově vyhověl. Jakmile však vstoupil na hřbitov, přihnal se Konečný s místními Sokoly a násilím vyvlekli faráře ven. Přitom mu roztrhli pluviál. Konečný měl být souzen pro výtržnictví, rušení náboženského obřadu a fyzické napadení. Toto by stíhal každý civilizovaný stát. Konečný však soudu unikl a byl pouze přeložen na Novojicko. Přesto však se Masaryk nerozpakoval organizovat na jeho obranu kampaň a vyzvedávat jej jako „mučedníka svobody svědomí“, „oběť klerikálního a teokratického násilí“ apod.
Masaryk v 90. letech 19. stol. rozvířil problematiku tzv. „české otázky“. Psal ve spisech „Česká otázka“, „Naše nynější krize“, „Jan Hus“, „Karel Havlíček“ aj., že čeští národní buditelé 18. a 19. stol., tzn. Dobrovský, Kollár, Palacký, Havlíček atd. navazovali na tradici tzv. české reformace, čili na odkaz Husa, Chelčického, Blahoslava a zejména Komenského. Tato tradice české reformace byla prý násilím přerušena Bílou horou a habsburskou rekatolizací, obrozenci však, podníceni osvícenstvím, na ni opět navázali. Katolicismus chápe Masaryk jako protičeský element. Jeho teorie byla odmítnuta odbornou historiografií, především Josefem Pekařem, který dokazoval, že čeští obrozenci nemohli navazovat na tradici české reformace, neboť byli lidmi novověku, zatímco Hus a Komenský stáli oběma nohama ve středověku a posuzovali svět výhradně optikou středověkého náboženského chápání, které již bylo obrozencům zcela cizí. Pekař naopak poukazuje na katolicky smýšlející vlastence Balbína, Šteyera, Vaváka, Vydru aj., kteří mají lví podíl na vzkříšení českého národa v dobách habsburské germanizace.
V úplném závěru spisu „Světová revoluce“ Masaryk napadá údajnou středověkou katolickou „teokracii“ jako „netolerantní“ a píše nehoráznou větu, že prý „teprve Francouzská revoluce kodifikovala práva člověka a uskutečnila je v ohledu náboženském…“ Ani slovíčko o tom, že Francouzská revoluce „kodifikovala a uskutečnila práva člověka“ gilotinou a řekami krve stovek tisíců lidí, kteří se „provinili“ pouze tím, že zůstali věrni dědictví otců, své katolické víře, jako např. sedláci v kraji Vendée. To jasně svědčí o tom, do jakého tábora Masaryk náležel.
Teprve po válce jako prezident republiky Masaryk utlumil své protikatolické invektivy. Musel počítat s faktem, že navzdory vlně odpadávání od víry se přece jen 70 procent obyvatelstva hlásilo ke katolickému vyznání. Katoličtí biskupové nikdy nezpochybnili jeho zásluhy o republiku. Když se Masaryk v prosinci r. 1918 vrátil z exilu, uvítali jej na nádraží mj. i českobudějovický biskup Josef Hůlka a královéhradecký Josef Doubrava. Faktem je, že Masaryk ani slovem nepodpořil poválečný přestup některých katolíků k československé církvi. Na druhé straně se však Církve ani v nejmenším nezastal, když lůza ničila kříže a sochy a vylupovala svatostánky, ano, docházelo i k fyzickým zraněním kněží a laiků. Přitom se pachatelé odvolávali na údajné Masarykovy výroky „Po Vídni Řím!“, „Řím musí být českým člověkem souzen a odsouzen!“ atd. Masaryk nikdy neprohlásil, že tato slova neřekl. Perfidně se také zachoval vůči našim katolickým krajanům v USA r. 1917, jimž slíbil, že po válce u nás nedojde ke konfiskaci církevních statků, přesto však mnohé z nich byly potom zahrnuty do pozemkové reformy. Husovy oslavy r. 1925, konané pod záštitou prezidenta, probíhaly ve znamení protikatolických invektiv. Nuncius Marmaggi proto na protest opustil Prahu. Konflikt byl diplomaticky urovnán r. 1928 uzavřením tzv. Modu vivendi mezi Československou republikou a Svatým stolcem.
Poté i Masaryk zaujal vůči Katolické církvi vstřícnější postoj, jak svědčí tato jeho slova u příležitosti oslav svatováclavského milénia r. 1929: „Svatý Václav je mně osobností sympatickou. Podporoval křesťanství a Církev a to bylo dílo záslužné, kulturní a pokrokové.“ 14. září r. 1937 Masaryk zemřel. Spekulovalo se tenkrát o jeho konverzi. Je pravda, že na zámku v Lánech, kde žil na odpočinku, jej krátce před smrtí navštívil známý františkánský páter Jan Evangelista Urban. Nesdělil však, o čem spolu hovořili. Zcela jistě však Masaryk nekonvertoval a nepřijal poslední pomazání, to by Urban oficiálně oznámil. Pohřeb se konal dle přání zesnulého v obřadu Jednoty bratrské.
Uvedená fakta nutí českého katolíka dívat se na osobnost T. G. Masaryka kriticky. Dovedeme ocenit jeho nepopiratelné zásluhy o českou státnost, uznáváme také, že v nelehkých dobách obou totalit se stal, byť posmrtně, ztělesněním hodnot, které český národ posilovaly. Nemůžeme však zamlčet jeho až fanatickou zaujatost vůči pravé Církvi Kristově, která ho vedla až ke krokům neslučitelným s křesťanskou i lidskou etikou. Masaryk nebyl křesťanem, ale volnomyšlenkářským liberálem, odmítajícím Boží Zjevení a přijímajícím deisticky pouze víru v Boha a v nesmrtelnost lidské duše.