Realita je ovšem taková, že „dva Janové“ neexistovali. Mučedník zpovědního tajemství a mučedník za práva Církve je jedna a tatáž osoba. Jak ale došlo ke zmatku „dvou Janů“? To bylo náležitě a důkladně vysvětleno již v 18. stol.
Prameny 14. a 15. stol. znají pouze Jana (Johánka) z Pomuku (toto město až později se nazývalo Nepomuk). Byl to vzdělaný kněz, absolvent univerzity v Padově a stoupenec reformního programu asketického arcibiskupa Jana z Jenštejna, který si uvědomoval tehdejší zlořády Církve a usiloval o nápravu mravů kléru. Jan z Pomuku smýšlel podobně, proto si ho Jenštejn vybral za svého generálního vikáře.
Král Václav IV. svévolně zasahoval do vnitrocírkevních záležitostí a kvůli tomu se dostával s arcibiskupem do častých konfliktů. Napětí vyvrcholilo, když se král rozhodl bez souhlasu církevních orgánů povýšit kladrubské opatství na biskupství a dosadit tam někoho ze svých oblíbenců, nejspíš Václava Králíka z Buřenic. Arcibiskup Jenštejn spolu s generálním vikářem Janem srdnatě bránili práva Církve. To krále Václava, pověstného abnormální prchlivostí, rozzuřilo natolik, že navrhl arcibiskupovi 20.března 1393 setkání u Mostecké věže. Ten tam přišel i se svým doprovodem, v němž se nacházel i sv. Jan. Jenže místo jednání zahrnul král arcibiskupa nadávkami a poručil svým vojákům, aby Jenštejna a lidi z jeho družiny zajali. Došlo k šarvátkám, při nichž arcibiskupovi mužové Jenštejna a další hodnostáře ubránili, čtyři z nich ale padli královým ozbrojencům do rukou. Mezi nimi byl i Jan z Pomuku. Všechny dal král krutě mučit, Jana z Pomuku týral dokonce osobně. Po mučení byli tři zajatci (Knobloch, Puchník a Něpr) propuštěni, ale sv. Jan byl svázán do kozelce, vláčen Prahou a ještě téhož dne utopen ve Vltavě. O této události máme zprávu od samotného arcibiskupa Jenštejna, jenž o tom píše papeži Bonifáci IX., a od roudnického probošta Petra Klarifikátora v jeho kronice.
Ani jeden z těchto autorů nemluví o zpovědním tajemství jako o příčině vraždy sv. Jana. Nicméně Jaroslav Polc ve své biografii o tomto světci poukazuje na to, že oba prameny líčí, jak král si počínal vůči Janovi krutěji než vůči dalším třem a vyslýchal jej o samotě. Muselo jít tedy o nějaké osobní záležitosti. Že se jednalo o zpovědní tajemství královny Žofie, jíž byl sv. Jan zpovědníkem, píše poprvé rektor vídeňské univerzity Tomáš Ebendorfer ve 40. letech 15. stol. Podle něj v Čechách, i když husitských, se vykládá, že král Václav dal zpovědníka své manželky Jana utopit ve Vltavě, „poněvadž se zdráhal porušit zpovědní tajemství“. V 70. letech 15. stol. potom pražský kanovník Pavel Žídek ve svém spise „Správovna“ říká jinými slovy totéž. Z toho tedy jasně vyplývá, že zpráva o zpovědním tajemství jako příčině mučednické smrti sv. Jana není legenda později vykonstruovaná, když ji znají téměř současníci dané události jako něco, co je v Praze známé.
Na konci 15. stol. se děkan metropolitní kapituly Jan z Krumlova pokoušel po zmatcích husitských válek dát dohromady životní osudy zemřelých hodnostářů arcibiskupství. Počínal si přitom amatérsky a mnoho chybějících dat si pouze domýšlel. Do úředních pramenů nebo kronik se nepodíval. Tak uvedl chybně i u kanovníka Jana z Pomuku rok úmrtí 1383, kdy byl podle něj „utopen z mostu“. Tento letopočet byl také vyryt na náhrobek světcův u sv. Víta.
To se stalo v 16. stol. osudným kronikáři Václavu Hájkovi z Libočan. Ten si nedovedl vysvětlit rozpor mezi datem úmrtí na náhrobku (r. 1383) a datem úmrtí ve zprávě Jana z Jenštejna a Petra Klarifikátora (r. 1393). Povrchně a bez dalších zkoumání „vytvořil“ proto dva Jany: jednoho umučeného r. 1383 kvůli zpovědnímu tajemství a druhého, umučeného pro hájení práv Církve. Tento omyl po Hájkovi opakovali všichni nadšení ctitelé sv. Jana Nepomuckého, zejména Bohuslav Balbín v 17. stol. Chybné datum světcovy smrti se dostalo i do kanonizační buly r. 1729.
Teprve ve 2. polovině 18. stol. na základě podrobného a detailního rozboru pramenů dva čeští vlastenečtí kněží-buditelé – augustinián Eliáš Sandrich a piarista Gelasius Dobner – jasně prokázali, že Jan umučený pro zpovědní tajemství a Jan zavražděný kvůli obraně Církve je jedna a tatáž osoba. Rok 1383 jako datum úmrtí je proto omylem, správné datum zní 1393. V té době se však zvedala v českých zemích osvícenská vlna, nepřátelská vůči středověkému i baroknímu katolicismu, zejména vůči kultu Panny Marie a světců, který byl prohlašován za „tmářský“ a „barbarský“. V poplatnosti tomuto duchu odmítl Josef Dobrovský svatojanský kult jako „legendu“ bez ohledu na spolehlivé argumenty Sandrichovy a zejména Dobnerovy.
Opravdovou štvanici proti sv. Janu Nepomuckému však spustil na konci 19. století časopis „Čas“, redigovaný Janem Herbenem. Sv. Jan byl údajně „světcem temna“, vnuceným českému národu habsburskou, tedy cizí státní mocí. Protijanovská kampaň také tvrdila, že sv. Jan nebyl dobrým knězem. Půjčoval prý na vysoký úrok, čili lichvařil. Jan skutečně půjčoval peníze chudým kněžím, kteří neměli na zaplacení úředních poplatků. Jenže – jak dokladuje Polc – ani v jednom případě se nejednalo o půjčku na úrok. Další neopodstatněnou námitkou je údajné Janovo „mnohoobročnictví“. Tehdy bylo velkým nešvarem, že bohatí kněží zastávali čtyři i více církevních obročí (z nichž jim plynuly zisky), ačkoliv církevní předpisy povolovaly jen dvě. Jan skutečně v souladu s církevním ustanovením měl pouze dvě prebendy: arcijáhenství žatecké a kanonikát vyšehradský.
Lživost protijanovské propagandy odhalil už před první světovou válkou významný český historik Josef Pekař, jenž se stal vřelým a nadšeným zastáncem tohoto národního patrona, i když sám nebyl praktikujícím katolíkem. Kult svatojanský byl podle Pekaře nejen náboženskou, nýbrž i vlasteneckou záležitostí, pevně spjatou s národními dějinami a s českým národním obrozením, jehož kořeny jsou do značné míry autenticky katolické.
Není pravda, že před bělohorskou bitvou nebyl kult sv. Jana Nepomuckého v Čechách znám. Již r. 1575 protestant Kryštof Manlius píše, že jeho hrob je ve velké úctě. R. 1608 Jiří Bartold z Brajtenberku sděluje, že Jan z Pomuku patří mezi přední zemské patrony a uvádí tehdy rozšířený hymnus k jeho poctě. Nezpochybnitelné ovšem je, že k největšímu rozkvětu svatojanské úcty dochází po třicetileté válce. Šíří ji především čeští vlastenečtí jezuité Albrecht Chanovský, Jan Tanner a Bohuslav Balbín. Jezuité podobně jako piaristé hráli ve svých školách divadelní představení o sv. Janovi. Poutě z venkova do Prahy ke světcovu hrobu sílily, kult svatojanský se stal jakousi ryze českou, vlasteneckou záležitostí. Při slavnostním otevření hrobu r. 1719 byla nalezena ve světcově lebce neporušená mozková tkáň, tehdy mylně vydávaná za jazyk. Tento zázrak urychlil beatifikační a kanonizační proces. Jan Nepomucký byl r. 1729 svatořečen. Čeští katoličtí vlastenci, především z jezuitského řádu, kteří boj za jazyková práva Čechů spojovali s bojem za nezávislost a svobodu Církve, jež se za vlády Marie Terezie a Josefa II. octla v područí státu, viděli ve sv. Janu Nepomuckém patrona těchto svých snah. Oslavy svátku sv. Jana 16. května bývaly nejen náboženskou, nýbrž i vlasteneckou manifestací. Sám Karel Havlíček Borovský, jenž nevynikal láskou ke katolicismu, napsal známou rýmovačku: „Svatý Jene z Nepomuku, drž nad námi svoji ruku, ať nám dá Bůh, co dal tobě, by náš jazyk neshnil v hrobě.“
To ovšem nezabránilo po první světové válce, kdy Katolická církev byla tendenčně líčena jako spojenec Habsburků, vandalským útokům proti svatojanským sochám. Obrovské množství jich bylo zničeno jako symbol „temna“. Tehdy se opět ozval na světcovu obranu Josef Pekař v díle „Tři kapitoly o sv. Janu Nepomuckém“: „…kult svatojanský byl více než půldruhého století pravou missa sollemnis náboženského a při tom jaksi česky-náboženského cítění této doby. A co v něm bylo estetického půvabu! Co byla Praha 16. května! O to vše jste nás svou nenávistnou a omezenou agitací ochudili… A viděl jsem sochy svatých rozbité pod dojmem vašich slov, viděl ohrožené umělecké památky nejvyšší ceny… Namítnete mi snad, že kult svatojanský nebyl jen poctivou naivností barokové doby…, ale že v něm byl i cíl církevně-politický: zatlačit Husa! Ale čeští evangelíci doby předbělohorské nevěděli o Husovi ani stý díl toho, co víme dnes… mezi důvody, pro něž si česká katolická Praha svatořečení Jana z Pomuka přála, spolupůsobily důvody dané situací, chvályhodné a česky vlastenecké… Podle terminologie Herbenovy musel bych to, co se v našich pokrokových kruzích děje s Husem a Komenským, zváti podvodem nebo zločinem nebo klerikalismem… A slova ještě rozhořčenější bychom uslyšeli od nich samých, od Husa a Komenského, kdyby mohli vstáti z hrobu a viděti, jak národ, jenž se k nim okázale hlásí… jak národ Husův vyhazuje kříže ze škol a i náboženství ze škol vymítá… Ctitelé sv. Jana Nepomuckého, doba kultu svatojanského měla zajisté, jakkoli paradoxně to zní, daleko blíže k Husovi než naši volnomyšlenkáři a pravý katolík dneška má naň větší nárok mravní než nenáboženský štváč protikatolický.“
Étos svatojanského kultu je zřejmý. Ukazuje, jak je krásná věrnost svému poslání až k prolití krve. Věrnost, která je spojena s poznáním, kdy nutno mluvit a kdy naopak mlčet. Sv. Jan to věděl. Mluvil, když bylo zapotřebí bránit arcibiskupa a práva Církve, mlčel však, když se jednalo o zpovědní tajemství. Obojí mu vyneslo mučednickou smrt, která byla zároveň jeho cestou do nebe. Prosme proto sv. Jana, abychom na jeho přímluvu tak jako on zachovali věrnost v mluvení i v mlčení, abychom jasně rozeznali, kdy je třeba mluvit a kdy naopak mlčet.
S trochou nadsázky lze říci, že sv. Jana Nepomuckého postihl stejný osud jako Jana Husa, jehož památku měl údajně potlačit: Byli vytvořeni Janové dva. Jenže u sv. Jana Nepomuckého byl tento omyl napraven už v 18. stol., kdežto u Jana Husa nadále přetrvává místo jeho skutečné historické osobnosti středověkého kněze a náboženského reformátora románová a filmová karikatura protináboženského buřiče liberální nebo socialistické orientace. Tento omyl na svoji nápravu dosud stále čeká.