Uchýlil se, po kratším pobytu v severní Itálii, do Ženevy, centra kalvínského protestantismu. Tam ale vyvolal pobouření svými názory, jež přesahovaly samotné hranice křesťanství. Bruno např. hovořil o Ježíši jako o „velkém filozofovi“ a odmítal Jeho Božství i zázraky. To bylo nepřijatelné i pro kalvínskou Ženevu, neboť protestantský reformátor Jan Kalvín plně akceptoval nauku o Boží Trojici a Božím synovství Ježíše Krista. Brunovi hrozilo zatčení, uprchl proto do Francie, kde získal přízeň krále Jindřicha III., jenž ho r. 1583 pověřil, aby vyučoval filozofii na Collége de France v Paříži. V doprovodu královského vyslance se krátce nato vydal do Anglie, kde delší dobu zůstal.
Anglickou královnu Alžbětu I. si naklonil svým spisem „O hrdinských vášních“, který jí také věnoval. Zde obhajuje hříchy proti 6. přikázání a odmítá katolickou morální nauku, která přikazuje bojovat proti pokušení. Královna Alžběta, jež nežila pohlavně mravně, nacházela v Brunově spisu obhajobu své pochybné morálky, proto mu projevovala všestrannou přízeň. Bruno učil na školách v Londýně a diskutoval s profesory univerzity v Oxfordu. V Anglii také napsal téměř všechny své spisy, z nichž nejznámější jsou „O příčině, principu a jednotě“, „Večeře Popeleční středy“ a „Vyhnání triumfující bestie“. Hlásá tzv. naturalistickou filozofii, to znamená, že Bůh a příroda jsou jedno a totéž. Osobní Bůh jako rozumová bytost v Brunově pojetí neexistuje, pouze jako neosobní vnitřní síla světa a vesmíru. Bruno je hlasatelem panteismu, to znamená světového názoru, že Bůh není nad světem, vesmírem a člověkem jako Stvořitel, ale uvnitř jako jakási vesmírná duše. Bruno též jako první hlásal teorii o nadčlověku, jenž se prý musí prosadit násilím a krutostí. Tyto názory v 19. století převzali Friedrich Nietzsche a od něj potom šéfideolog německého nacismu Alfred Rosenberg. Bruna se dovolával i šéfideolog italského fašismu Giovanni Gentile. Zarážející je přitom arogance, s jakou Bruno vystupoval. Jeho spisy jsou plny netolerance a nadávek vůči všem, s jejichž názory nesouhlasil. Při disputaci v Oxfordu vyvolal obrovskou bouři nevole, protože své oponenty urážel a zesměšňoval. Nemusel se však obávat postihu, protože nad ním držela ochrannou ruku samotná královna Alžběta.
To nebylo náhodou. Alžběta krvavě pronásledovala katolíky, kteří se odmítli vzdát své víry. Tisíce jich skončily na popravištích, kněží, působící v zemi ilegálně a tajně vysluhující svátosti, bývali většinou zabíjeni nelidským způsobem: čtvrcením, páráním břicha, ubíjením holí apod. Obětmi Alžbětiny hrůzné perzekuce katolíků se stali i jezuité sv. Edmund Campion a sv. John Ogilvie, kteří studovali a získali formaci v jezuitské koleji v Brně, odkud byli tajně posláni do Anglie.
V katolické Evropě existovala řada center, kde byli připravováni mladí kněží-misionáři pro ilegální pastoraci mezi katolíky v Anglii. Nejznámější jsou Řím, ve Francii potom Remeš a Douai. Královnin první ministr a organizátor protikatolického teroru lord Francis Walsingham potřeboval informace, kdy, z kterého místa a kolik katolických duchovních odplulo na britské ostrovy. K tomu ovšem byl nezbytný agent-informátor. Toho nalezl právě v Brunovi. Bossy zveřejnil ve svém spise doklady, že Bruno byl Walsinghamem a jeho tajnou rozvědkou přímo úkolován k cestám do zahraničí, k navazování kontaktů a k podávání zpráv, kdy a kde se vylodí v Anglii kolik kněží, takže Walsinghamova policie je mohla okamžitě zatknout, uvěznit a později popravit. Bruno pronikal jako agent i do prostředí anglických katolíků, žijících v ilegalitě a podával o nich informace. Ti byli potom zatýkáni, mučeni a popravováni. Dokumenty o tomto Brunově udavačství existují z let 1583-5. Tuto skutečnost potvrzuje i francouzský vyslanec v Anglii Michel de Castelnau, jenž se stává nakonec informátorem inkvizice o Brunově pohybu po Evropě. Bruno po r. 1585 z neznámých důvodů opouští Anglii. Působí nejprve ve Frankfurtu nad Mohanem, odkud se přesouvá do severní Itálie. R. 1592 byl zatčen inkvizicí v Benátkách a dopraven do Říma.
Hlavní bod obžaloby tohoto odpadlého dominikána směřoval k jeho kacířství, dále pak k okultismu a magii, čemuž se Bruno čile věnoval. Inkvizice to pokládala za příčinu všech jeho dalších deliktů. Brunův proces trval 8 let, inkvizice se neustále snažila přimět Bruna k odvolání panteistických bludů. Členem tribunálu, jenž Bruna vyšetřoval, byl jistou dobu i církevní učitel kardinál sv. Robert Bellarmin. Po marné snaze dosáhnout toho, aby se Bruno zřekl herezí a magie, vydala jej inkvizice r. 1600 světským úřadům k upálení na hranici. Papež svatého života Klement VIII. by mu pravděpodobně udělil milost, kdyby Bruno o ni požádal. Ten to ale ve své pyšné zatvrzelosti neučinil. Po Brunově smrti se papež Klement celou noc modlil na posvátných schodech naproti Lateránské bazilice za spásu jeho duše. Brunovo upálení bylo poslední popravou kacíře v papežském Římě.
Taková je pravda o Giordanu Brunovi. Protikatolická propaganda tvrdí, že byl upálen proto, poněvadž hájil Koperníkovu teorii o Slunci jako středu vesmíru. Bruno ji skutečně zastával, avšak nebyl souzen za to, že ji bránil, ale za to, že se jí dovolával v souvislosti s panteistickými bludy, které hlásal. Objektivně je třeba konstatovat, že Bruno by se za to, co všechno napáchal, octl i v současné době i v té nejcivilizovanější zemi před soudem a nevyvázl by bez trestu. Proto nelze mít římské inkvizici za zlé, že jej soudila a odsoudila. Je nutno odmítnout samozřejmě fakt, že byl souzen a popraven hlavně za své přesvědčení, byť zvrácené, nelze však říci, že před soud nepatřil a žádný trest nezasluhoval. Fakta, zveřejněná Bossym, svědčí jasně o opaku. Jestliže tedy protikatolická propaganda, ať už liberální nebo komunistická, vynáší Bruna jako údajného „mučedníka“ inkvizice a oběť „církevního tmářství“, a dokonce mu staví pomníky, tak je třeba bez jakéhokoliv přehánění namítnout, že se zastává a uctívá kriminálního zločince, vraha a konfidenta, jenž má na svědomí vraždu svého řeholního představeného a životy desítek anglických katolických kněží a laiků, které za Alžbětina krvavého pronásledování udal.