Slovenská republika skutečně byla za války spojeneckým státem nacistického Německa a účastnila se války proti Polsku a posléze proti Sovětskému svazu. Jejím prezidentem byl katolický kněz Jozef Tiso. Faktem je, že vztahy mezi Čechy a Slováky nebyly před válkou ideální. T. G. Masaryk se zavázal za první světové války v americkém Pittsburgu tamním Slovákům, že v budoucím společném státě dostanou autonomii, slib ale nedodržel. Když se vůdce slovenského národa, katolický kněz Andrej Hlinka, toho po válce domáhal a odejel kvůli tomu i na mírovou konferenci do Versailles, československé úřady jej za to uvěznily na Mírově. Pachuť hořkosti z takového jednání byla ještě posílena náboženskou nejednotou. Zatímco značná část českého národa podlehla demagogickým heslům „Pryč od Říma“ a vystupovala z katolické církve, Slováci jí zůstali věrni, neboť to bylo právě duchovenstvo, kdo zachránil slovenskou národní existenci v dobách tuhé maďarizace. Protože na Slovensku panoval katastrofální nedostatek učitelů, kteří uměli slovensky (převládali Maďaři), posílala tam pražská vláda Čechy. Mnoho jich bylo nepřátelsky zaujato proti církvi a když se octli ve škole na slovenském venkově, tak často jejich první starostí bylo odstranit kříž, který tam visel, čímž hrubě uráželi náboženské cítění tamních obyvatel. Proto Hlinkova Slovenská ľudová strana, paralela Šrámkovy lidové strany v českých zemích, čekala celou éru první republiky na vhodnou příležitost k prosazení autonomie pro Slovensko, aby si Slováci mohli své záležitosti řídit sami.
Ta se naskytla po mnichovské dohodě r. 1938. Slovensko vyhlásilo autonomii a kněz Jozef Tiso, nástupce Hlinky ve vedení ľudové strany, se stal předsedou autonomní vlády. Samostatnost pomnichovského Česko-Slovenska však netrvala dlouho. Bylo jen otázkou času, kdy Hitler obsadí zbytek českého území. Neměl ale zájem obsadit Slovensko, protože tím by Němci museli řešit i česko-slovenské konflikty, k čemuž neměli chuti. Proto 13. března r. 1939 povolal Hitler Tisa do Berlína, kde mu předložil pouze dvě varianty: buď samostatný Slovenský stát nebo jinak prý „ponechá Slovensko svému osudu“. Tiso moc dobře věděl, co to znamená: vydat Slováky na pospas Maďarům. Ti získali mnichovskou dohodou jižní Slovensko a neskrývali, že chtějí dostat zpět celé slovenské území. Volba slovenské samostatnosti, byť z milosti Hitlera, kterou Tiso učinil, byla proto „menším zlem“ ze dvou jediných eventualit, bylo tedy nespravedlivé vinit po válce před soudem Tisa z „velezrady“ republiky a vražení „kudly do zad“ společnému státu Čechů a Slováků. Pro variantu samostatného Slovenského státu hlasovali tenkrát všichni poslanci Slovenského sněmu včetně oddaných „čechoslovakistů“, jakým byl například Vavro Šrobár.
Slovenská republika, byť vazal Hitlerův, si přece jen dokázala zachovat značnou míru svobody a právní jistoty. Až do Slovenského národního povstání r. 1944, kdy Slovensko fakticky obsadili Němci, zde nebyl z politických důvodů nikdo popraven, rozsudky za protistátní činnost se vyměřovaly na pouhé měsíce a političtí vězňové měli svůj zvláštní statut. To se lze dočíst i v knize komunisty Gustáva Husáka „Mé svědectví o Slovenském národním povstání“. Takový stav se s protektorátem Čechy a Morava, kde byly vynášeny tisíce rozsudků smrti, nedal vůbec srovnávat. Zásluhu na tom má prezident Tiso, jemuž se podařilo r. 1940 zmařit pokus o puč pronacistického premiéra Vojtěcha Tuky a dát Slovensku charakter křesťanského státu, v němž byla ale striktně respektována náboženská svoboda.
Smutné a neobhajitelné však je, že právě tato křesťanská republika přikročila ke zločinné perzekuci Židů. Tuka a další Hitlerovi agenti se domáhali slovenské varianty norimberských rasových zákonů. V září r. 1941 vláda vyhlásila tzv. Židovský kodex, jenž vyřazoval občany židovského původu ze společnosti a zbavoval je majetku. Slovenští biskupové se ihned sešli v Nitře a vydali prohlášení, že „kodex je v rozporu se slovenskou křesťanskou tradicí a porušuje zásady křesťanské etiky“. Vláda toto napomenutí ignorovala. Naopak v březnu r. 1942 nařídila deportace Židů a oznámila, že prý jedou „do Německa na práci“. Biskupové se opět ozvali, tentokrát pastýřským listem, v němž odsoudili nejen deportace, nýbrž i veškeré násilí proti Židům. Vatikánský nuncius Burzio navštívil prezidenta Tisa a požadoval, aby použil své plné moci a deportace zakázal.Tiso slíbil, ale neučinil tak, omezil se pouze na udělování tzv. „prezidentských výjimek“ z deportací. Přesto však z 90 tisíc slovenských Židů jich bylo odvezeno 60 tisíc do plynových komor.
Zbývajících cca 30 tisíc mělo být deportováno na jaře r. 1943. To již ale episkopát získal spolehlivé informace, že Židé nejsou vyváženi na práce, jak hlásala oficiální propaganda, ale na smrt. Spišský biskup Ján Vojtašák předložil o tom memorandum vládě a prezidentovi. Biskupové opět vydali společný pastýřský list, kde důrazně naléhali na zastavení deportací. Rovněž nuncius Burzio z pověření papeže Pia XII. znovu navštívil Tisa a požadoval totéž. Teprve pod tímto tlakem, kdy bylo použito i hrozby exkomunikace (té se pro Tisa domáhal řeckokatolický biskup Peter Pavol Gojdič), Tiso autoritativně nařídil deportace zastavit.
V celé této záležitosti je třeba vysoce hodnotit jednání slovenských biskupů a Vatikánu. Svědčí o tom i relace agentů gestapa na Slovensku, vydané před několika lety v Bratislavě, které označují slovenský episkopát za „největší nebezpečí pro zájmy říše“. Oficiální „Katolícke noviny“ často odsuzovaly nacistický světový názor jako protikřesťanský, kvůli čemuž byly několikrát konfiskovány. Když vyšel první pastýřský list biskupů na obranu Židů, řekl ministr vnitra Alexander Mach německému velvyslanci Ludinovi: „Hned bych dal všechny biskupy pozavírat, kdyby prezidentem nebyl katolický kněz.“
Hodnotíme-li však biskupy a Vatikán v této kauze právem kladně, nelze to říci bohužel jednoznačně o prezidentu Tisovi. Faktem je, že Řím pohlížel na jeho politickou funkci s nelibostí. I když na jedné straně nelze Tisovi upřít, že zabránil na Slovensku otevřenému teroru a popravám, na druhé straně nelze zase zavírat oči před liknavým postupem ve věci židovských deportací, kdy zakročil ve prospěch Židů teprve poté, až biskupové a Vatikán pohrozili sankcemi vůči jeho osobě. Neomluvitelné také je, že r. 1941 sám pronesl v Holíči ostrý antisemitský projev. Po válce byl Tiso r. 1947 popraven jako válečný zločinec. Takový rozsudek si nezasloužil, ten byl vykonán na politickou objednávku SSSR. Tiso zločincem rozhodně nebyl, neboť nenařizoval vraždy, ani se na nich nepodílel, naopak se jim v řadě případů snažil zabránit, konkrétně po potlačení Slovenského národního povstání na podzim r. 1944. Václav Vaško, autor knih „Neumlčená“ a „Dům na skále“, přímý účastník SNP a očitý svědek mnoha událostí, vděčí právě Tisovi za svůj život, jak sám ve svých spisech uvádí. Němci účastníky povstání odsuzovali automaticky k smrti, Tiso vždycky intervenoval v jejich prospěch, někdy úspěšně, jindy nikoliv. Bratislavský soud, který po válce nad ním vynesl rozsudek šibenice, tuto iniciativu vůbec nezohlednil, naopak považoval za přitěžující okolnosti i to, co by Tisovi mělo sloužit ke cti. Když vyznamenal esesácké důstojníky za potlačení SNP, vymohl za to milost pro řadu odsouzených k smrti. Protikatolická propaganda ráda také využívá fotografie, na níž Tiso údajně slouží v Banské Bystrici mši na oslavu porážky SNP. Černá barva ornátu však je jasným důkazem, že Tiso sloužil rekviem za padlé. Tiso je v každém případě postava dvojznačná. Nebyl ani zločinec, ani světec. Některé jeho činy třeba posuzovat pozitivně, jiné však si zasluhují morálního odsouzení. V každém případě ale bylo neštěstím, že v čele státu, jenž plnil roli vazala hitlerovského Německa, stál katolický kněz.
Církev jako celek se za války na Slovensku, až na malé výjimky, zachovala skvěle. Výše zmiňované relace gestapa hovoří pouze o 20 duchovních, kteří souhlasí s deportacemi Židů. Je třeba zejména ocenit biskupy, kněze, řeholní osoby a katolické laiky za všechno, co udělali pro pronásledované Židy. Bojůvky z tzv. Hlinkových gard, zodpovědné za surové násilí vůči bezbranným židovským rodinám, byly mnohokrát odsouzeny na stránkách Katolíckých novin, které poukazovaly mimo jiné i na jejich téměř nulovou religiozitu, když nedělní dopoledne místo v kostele tráví v hospodě. Přesto však skutečnost, že deportace Židů na Slovensku se děla ve jménu katolického křesťanství, je skličující.
V podobné situaci se octla Katolická církev také v Chorvatsku. Po porážce Jugoslávie r. 1941 zřídili Němci formálně samostatný Chorvatský stát. V jeho čele stál fašista Ante Pavelič, obdivovatel italského diktátora Mussoliniho. Ten se navenek prohlašoval za katolicky věřícího, ačkoliv téměř nepraktikoval. Paveličova propaganda zdůrazňovala katolicismus chorvatského národa jako znamení, jímž se Chorvaté liší od pravoslavných Srbů. Předválečné vztahy mezi Srby a Chorvaty byly ještě napjatější než mezi Čechy a Slováky. O násilné akce z obou stran nebyla nouze. Vládnoucí dynastie Karaďorďevičů utlačovala Chorvaty a upírala jim právo na svébytnou existenci. Proto po vyhlášení chorvatské nezávislosti probíhala v zemi nenávistná protisrbská – a také protižidovská – kampaň. Chorvatské ozbrojené skupiny, tzv. ustašovci, vraždili srbské, židovské a cikánské obyvatelstvo, přičemž je v některých případech i násilím křtili. Smutné a odsouzeníhodné je, že na těchto masakrech se podíleli i někteří katoličtí duchovní, dokonce řeholníci, zaslepení primitivním nacionalismem. Srbové ovšem opláceli stejnou mincí, jejich monarchistické vojenské oddíly, tzv. četnici, postupovali vůči chorvatským katolickým civilistům s toutéž bestiální surovostí. Totéž platí i o komunistických partyzánech, vedených Josipem Brožem-Titem.
Vatikán vyvíjel všemožné úsilí, aby dosáhl v Chorvatském státě změny poměrů. Papež Pius XII. několikrát intervenoval u Paveliče za záchranu chorvatských Židů, za což mu po válce vřelými slovy ve veřejně publikovaném dopise děkoval vrchní záhřebský rabín Miroslav Freiberger. Také záhřebský arcibiskup kardinál Alois Stěpinac vydal na obranu Židů, Cikánů a Srbů celkem tři pastýřské listy a prohlásil za exkomunikované všechny duchovní, kteří by se účastnili protisrbských nebo protižidovských masakrů. Gestapo na něj vydalo zatykač, nicméně dříve, než mohlo kardinála zatknout, se fronta přiblížila k Záhřebu a Němci museli prchat. Podobně si počínali i další chorvatští biskupové.
Sv. stolci, kardinálu Stěpinacovi a chorvatským biskupům se tedy nedá nic vytknout. Pravdou též je, že aktivní katolíci, úzce spjatí s církví, poslouchali své biskupy a neúčastnili se ustašovských masakrů, mnoho klášterů a dalších církevních institucí ukrývalo pronásledované Židy a Srby, sám kardinál Stěpinac poskytl azyl několika židovským rodinám přímo ve své rezidenci. Ustaša nebyla katolickou organizací, nýbrž nacionalistickou. V jejích řadách bojovalo též mnoho bosenských muslimů a také ateistů, vyznávajících nacistický světový názor. Katolicismus prezentovala Ustaša jako národní dědictví, nikoli jako náboženství s morálně závaznými požadavky.
Nicméně je smutnou pravdou, že vraždy a krutosti páchané v Chorvatsku vůči pravoslavným Srbům a Židům se děly ve jménu katolicismu a někteří kněží a řeholníci je schvalovali navzdory hrozbám církevních trestů. Naskýtá se otázka, jak mohli, když přece znali Kristovu nauku o lásce k bližnímu včetně nepřítele? Nadřazovali ve své hierarchii hodnot nacionalismus a nenávist k jinému etniku nad náboženskou víru – a to je vždycky zradou křesťanství. V zájmu objektivity je ale třeba vzít v úvahu, že stejných krutostí se dopouštěla i druhá strana. Krom toho nutno také říct, že po válce komunistická Jugoslávie zločiny ustašovců maximálně přeháněla, aby zakryla masakry bolševické Titovy armády. Před komunistickými soudy se octla řada chorvatských kněží a řeholníků, jejichž vina nebyla řádně prokázána, mnozí byli naopak zcela nevinní, přesto však je Titovy soudy odsoudily k smrti nebo k dlouholetému vězení za údajné „válečné zločiny“. I kardinál Stěpinac, jenž proti ustašovským zvěrstvům aktivně vystupoval, byl po válce nespravedlivě odsouzen do vězení. Zemřel r. 1961, aniž se směl vrátit do své arcidiecéze. Papež Jan Pavel II. ho zařadil mezi blahoslavené.